Situado en las proximidades de la Plaza Mayor, en la calle de las Monjas, fue construido a mediados del siglo XV con licencia del Obispo de Burgos Don Luis de Acuña y ocupado con monjas procedentes del Convento de San Ildefonso de Burgos. El convento se levantó en el lugar que ocupó en la Villa la antigua fortaleza de San Miguel; comenzó la fábrica Don Alonso Rodríguez de Santa Cruz y la prosiguió su hijo Don Alvaro.
La Iglesia del Convento es de traza gótica, con planta de cruz latina, tres naves y dos coros con bóvedas de crucería múltiple. Don García de Salamanca y Santa Cruz Abad de Foncea, en la Catedral de Burgos, reedificó esta iglesia e hizo el retablo del altar mayor dedicado a San Miguel y a la Asunción, en el que destacan dos altorrelieves que representan, el del lado de la epístola, la imposición de la casulla a San Ildefonso y el del Evangelio la celebración de la misa por San Gregorio. Se conservan también en el interior de esta iglesia los sepulcros de los Santa Cruz.
Santa Teresa en su viaje de vuelta de Burgos a Palencia se alojó en este convento